创新企业的上市将为A股二级市场提供新的定价“坐标体系”，进而影响到存量上市公司的估值和股价。
富达国际基金经理周文群表示，引入CDR将引发A股存量公司分化。2017年以前存在的一个现象是，某个行业的龙头老大在海外上市，但其估值比A股同行业的其他公司还低，这种不合理现象在互通互联渠道打开后正在逐步改变，包括CDR的发行也将使得A股存量公司的表现出现分化。
华泰证券研究员曾岩称，阿里巴巴等公司回归，有望为A股提供估值锚，短期内或对高估值成长股形成一定压力。但从整体看，BATJ等公司2018年预测PE与A股计算机、医药生物等成长股居多的板块估值相差不大，因此创新企业回归对成长股形成大幅冲击的可能性较小。中长期看，“独角兽”上市及CDR发行利于A股公司估值重塑，利于优质成长龙头市值向海外上市的中资科技龙头靠拢。
天风证券数据显示，横向比较估值，BATJ+网易当前平均PE为91倍、平均PS为7.3倍，而选取的A股市场12只科技细分龙头，平均PE为58倍、平均PS为7.9倍。总体上，A股的科技龙头估值较BATJ要低一些。但由于行业地位有所差异，目前A股的科技龙头无明显优势。
天风证券研报指出，在CDR试点初期，发行规模较小，并且有充分的制度保障，包括战略配售等形式，而且试点企业质地较好，所以在初期CDR可能出现供不应求的局面，上市后的估值有可能较高。这将有助于提升当前A股市场科技龙头估值。长期来看，CDR将优化A股整体格局，助力优质公司加速发展并逐步与国际接轨。CDR启动后，A股优质科技股数量和质量将明显上升，A股科技股整体格局将进一步优化。科技股的估值定价体系也将更加合理，资本市场对创新型企业的服务也会更加有效，优质公司有望加快发展。
不过，短期而言，有部分基金经理担心，CDR的登场可能会给A股市场增加供给压力。朱雀投资基金经理表示，当前市场关注度集中在CDR发行及人保等IPO，影响或持续一段时间，但是这段时间是自下而上挖掘标的的好时机。
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